Chức năng của các nhóm bảo vệ là cô lập các nhóm chức năng cụ thể trong quá trình tổng hợp, bảo vệ chúng khỏi bị nhiễu và chỉ loại bỏ các nhóm bảo vệ sau khi hoàn thành các phản ứng cụ thể để khôi phục hoạt động của phân tử mục tiêu. Quá trình loại bỏ các nhóm bảo vệ thường đòi hỏi điều kiện nhẹ nhàng để tránh làm hỏng phân tử mục tiêu. Ví dụ, phương pháp loại bỏ ROH khỏi rượu được bảo vệ thường là tạo ra ete (ROR ') hoặc este (ROCOR'), sau đó thủy phân hoặc axit hóa chúng trong điều kiện thích hợp.
Tóm lại, vai trò của các nhóm bảo vệ trong tổng hợp PNA là rất quan trọng, vì nó đảm bảo tổng hợp hiệu quả các phân tử phức tạp, tránh các phản ứng không phải mục tiêu và có thể được loại bỏ một cách có chọn lọc khi cần thiết để thu được các sản phẩm PNA tinh khiết.