Có hai phương pháp chính để tổng hợp thư viện peptide: phương pháp monome và phương pháp monome phụ.
Phương pháp monome
Phương pháp monome là một phương pháp truyền thống để tổng hợp thư viện peptide. Trong phương pháp này, tất cả các monome được bảo vệ cần phải được tổng hợp trước tiên và quá trình tổng hợp từng monome được bảo vệ rất phức tạp và tốn thời gian.
Phương pháp monome thứ cấp
Phương pháp monome thứ cấp không yêu cầu các monome có nhóm alpha amino được bảo vệ. Phương pháp này bao gồm hai bước: thay thế nucleophilic sau đó là acyl hóa. Phương pháp monome phụ cho phép sử dụng bất kỳ loại amin tổng hợp hoặc sẵn có trên thị trường nào, có tiềm năng lớn về hóa học tổ hợp.